Đối tượng áp dụng Thông tư: Các doanh nghiệp không thành lập theo Luật doanh nghiệp, tổ chức, hộ gia đình, cá nhân và những nội dung liên quan đến quản lý thuế, đăng ký..., theo đó có một số điểm đáng chú ý:

- Cơ quan chi trả thu nhập thực hiện đăng ký thuế cho cá nhân có thu nhập từ tiền lương, tiền công và đăng ký thuế cho người phụ thuộc của cá nhân một lần trong năm chậm nhất là 10 (mười) ngày làm việc trước thời điểm nộp hồ sơ quyết toán thuế thu nhập cá nhân hàng năm (khoản 5, Điều 6).

- Doanh nghiệp đăng ký thay đổi thông tin đăng ký thuế tại cơ quan đăng ký kinh doanh theo hướng dẫn tại Nghị định của Chính phủ về đăng ký doanh nghiệp và các văn bản hiện hành. Trường hợp các doanh nghiệp, đơn vị trực thuộc của doanh nghiệp thay đổi địa chỉ trụ sở kinh doanh dẫn đến thay đổi cơ quan thuế quản lý, trước khi đăng ký thay đổi thông tin với cơ quan đăng ký kinh doanh, doanh nghiệp phải thông báo thay đổi thông tin và thực hiện các thủ tục liên quan về thuế với cơ quan thuế quản lý trực tiếp theo quy định tại Khoản 2 Điều 13 Thông tư này (khoản 1, điều 12).

- Tổ chức kinh tế, tổ chức khác, hộ gia đình, nhóm cá nhân, cá nhân kinh doanh và cá nhân khác đã đăng ký thuế với cơ quan thuế, khi có thay đổi một trong các thông tin trên tờ khai đăng ký thuế, bảng kê kèm theo tờ khai đăng ký thuế phải thực hiện thủ tục thay đổi thông tin đăng ký thuế với cơ quan thuế quản lý trực tiếp trong thời hạn 10 (mười) ngày làm việc kể từ ngày phát sinh thông tin thay đổi (khoản 2, Điều 12).

- Trường hợp người nộp thuế thay đổi địa chỉ trụ sở kinh doanh dẫn đến thay đổi cơ quan thuế quản lý, trong thời hạn 10 (mười) ngày làm việc kể từ ngày nhận được Thông báo người nộp thuế chuyển địa điểm (mẫu số 09-MST ban hành kèm theo Thông tư này) của cơ quan thuế nơi chuyển đi, người nộp thuế phải thực hiện đăng ký với cơ quan thuế nơi chuyển đến.

- Khác với mã số thuế trước đây chỉ bao gồm chữ số, mã số thuế quy định tại Thông tư 95/2016/TT-BTC là một dãy số, chữ cái hoặc ký tự do cơ quan quản lý thuế cấp cho người nộp thuế theo Luật quản lý thuế.
Cụ thể, mã số thuế có cấu trúc như sau:
N1N2 N3N4N5N6N7N8N9 N10 - N11N12N13
Trong đó:
N1N2: số phân khoảng tỉnh cấp mã số thuế được quy định theo danh mục mã phân khoảng tỉnh (áp dụng đối với MST cấp cho người nộp thuế là DN, tổ chức, hộ gia đình, nhóm cá nhân và cá nhân kinh doanh) hoặc số không phân khoảng tỉnh cấp MST (áp dụng đối với MST cấp cho các cá nhân khác)
Các quy định đối với dãy N3N4N5N6N7N8N9 N10  và N11N12N13 không đổi so với Thông tư 80.
Bỏ quy định “N1 đến N10 được cấp cho đơn vị chính và DN thành viên”.
Bổ sung quy định “Dấu ngạch ngang: đó là ký tự để phân tách nhóm 10 số đầu và nhóm 3 số cuối”
Lưu ý: Mã số thuế DN theo quy định tại Nghị định 78/2015/NĐ-CP là mã số thuế theo quy định tại Thông tư này (điều 4).
- Cơ quan thuế cấp lại Giấy chứng nhận đăng ký thuế, Thông báo MST trong vòng 02 ngày làm việc kể từ ngày nhận được hồ sơ đề nghị của người nộp thuế đầy đủ theo quy định. Trước đây, Thông tư số 80 quy định thời hạn này là 03 ngày làm việc. (khoản 2 điều 11 )
Còn có nhiều điểm khác biệt giữa Thông tư số 95/2016/TT-BTC với Thông tư số 80/2012/TT-BTC. Thông tư số 95/2016/TT-BTC hướng dẫn chi tiết xem trên trang website của ngành thuế.